Tomcatが停止できない原因はファイアウォールだったわけですが、
原因特定前にTomcatを再インストールしたので、
Tomcatの削除手順を記載しておきます。
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Tomcat停止
ps -ef | grep java
Tomcatが起動していないことを確認。
Tomcatが起動している場合、停止する。sudo -u tomcat /usr/local/tomcat/bin/shutdown.sh
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Tomcat自動起動の停止
chkconfig --list | grep tomcat
Tomcatが自動起動になっている場合、停止および削除する。
sudo chkconfig tomcat off chkconfig --del tomcat
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Tomcat削除
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yumでインストールしている場合
yum list installed | grep tomcat
yumでインストールしたアプリ名を確認し、removeで削除していく。
sudo yum remove -y 上記で出力されたアプリ名
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手動でインストールしている場合(私の場合はこちら)
rm -f /usr/local/tomcat rm -fr /usr/local/apache-tomcat-7.0.50
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yumでインストールしている場合